Discover Airlines ist Partner von Miles & More, dem Loyalitätsprogramm der Lufthansa Group. So sammeln Teilnehmende auf allen von Discover Airlines durchgeführten Linienflügen wertvolle Miles & More Meilen, die sie für kleine Extras, einzigartige Erlebnisse oder für einen Prämienflug mit Discover Airlines z. B. mit einem Meilenschnäppchen schon ab 15.000 Meilen einlösen können. Die Höhe der Meilen ist abhängig vom Flugpreis. Teilnehmende erhalten bei jedem Flug mindestens 4 Prämienmeilen pro Euro Flugpreis. Frequent Traveller, Senatoren oder HON Circle Member erhalten zusätzlich einen Executive Bonus von 25 % auf Meilen.
Zusätzlich sammeln Teilnehmende auf Flügen Points, Qualifying Points und in der Business Class auch HON Circle Points, um einen Vielfliegerstatus zu erreichen mit dem sie besondere Privilegien genießen, die das Fliegen noch komfortabler machen.